Promotor: Prof.dr. J.G.E.M. Fraaije, Co-promotor: A. Kros

We developed the bitterling as a unique, well-studied model organism in the area of the evolutionary ecology of brood parasitism. The bitterling-mussel relationship, interspecific mussel host preference, and mussel gill structure are studied in detail, to help understand the developmental adaptation…

Optical projection tomography (OPT) is a tomographic 3D imaging technique used for specimens in the millimetre scale.

We have studied shape with a particular focus on the zebrafish model system. The shape is an essential appearance of the phenotype of a biological specimen and it can be used to read out a current state or response or to study gene expression.

In this thesis we investigated the ability of two-photon multifocal microscopy for single-molecule microscopy in live cells and organisms.

Promotor: Prof.dr.ir. J.G.E.M. Fraaije, Co-promotor: A. Kros

The aim of this thesis is to develop and study a robust and adaptable scaffold for supramolecular polymer self-assembly in water.

Promotie

De progressie van menselijke ziekten als kanker en TBC is goed te bestuderen in larven van zebravissen. Met robots en automatische herkenning van microscopische beelden gaan bioloog Herman Spaink en informaticus Fons Verbeek uitzonderlijk snel het effect van nieuwe medicijnen testen. De aanschaf van…

β-Lactamases are enzymes that can break down β-lactam substrates, such as antibiotics, preventing the use of these antibiotics for the treatment of various infectious diseases. However, some compounds, β-lactamase inhibitors, can block these enzymes allowing for possible treatments using a combination…

Filamentous Actinobacteria, such as Streptomyces, produce a plethora of chemically diverse bioactive metabolites that have found applications across medicine, agriculture and biotechnology.

Lysosomal glycosidases are acid hydrolases that fragment glycoconjugates in lysosomes.

This thesis investigates the application of deep learning techniques in image analysis across various domains, focusing on four main themes: feature extraction, classification, segmentation, and integration, demonstrating the transformative potential of these technologies.

In the last decades, activity-based protein profiling (ABPP) has emerged as a powerful chemical tool that may aid the ever-challenging drug discovery process.

Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique used to visualize the inside of cells and to study specific protein complexes. Within this thesis, I describe the use of various cryo-EM techniques to gain insight into the structural changes of the human pathogen, Vibrio cholerae, as it…

In this thesis, a system pharmacology approach, integrating metabolomics, pharmacology and chemical biology, was applied to understand and modulate the endocannabinoid system across different model systems (cells, zebrafish, mice and humans).

Promotie

We have examined sequences from the ligand-binding domain of the nicotinic acetyl choline receptor (nAChR) in 148 vertebrate species. We are in interested in this receptor because the α-neurotoxins of many venomous snakes binds to this receptor in its location at the neuromuscular junction in all ve…

NWO heeft 6 Vidi-subsidies toegekend aan Leidse onderzoekers. Elke wetenschapper krijgt een bedrag van maximaal 800.000 euro om een onderzoekslijn te ontwikkelen en een eigen onderzoeksgroep op te bouwen.

Hoe en wanneer kun je de effectiviteit van medicijnen het beste testen? Promovendus Rob van Wijk van het Leiden Academic Centre for Drug Research (LACDR) ontdekte dat zebravislarven het beste ingezet kunnen worden in geneesmiddelenonderzoek als ze vijf dagen oud zijn. Zijn bevindingen verschenen 15…

Prof. dr. Pancras Hogendoorn CW (LUMC), dr. Annemarie H. Meijer (IBL), prof. dr. Thomas Schmidt (LION) en dr. B. Ewa Snaar-Jagalska (IBL) kregen een interdisciplinaire NWO TOP subsidie voor hun project “Role of Chemokine Gradient Sensing in Ewing’s Sarcoma Progression, Angiogenesis and Immune Target…

'Wat doen ze met slangengif?' Die vraag stelde de elfjarige Joep aan televisieprogramma Willem Wever. Leids hoogleraar Evolutionaire ontwikkelingszoölogie en slangengifexpert Michael Richardson geeft in zijn laboratorium het antwoord.

In de onderzoekslijn 'Dierwetenschappen en gezondheid' werken we met verschillende diersoorten om meer te weten te komen over fundamentele biologische processen in dier én mens.

Dr. Annemarie H. Meijer van het Instituut Biologie Leiden gaat een nieuw Marie Curie trainingsnetwerk coördineren dat 3,7 miljoen subsidie ontvangt van de Europese Commissie. Het vierjarige project begint in januari 2012 en heet: “FishForPharma: Training Network on Zebrafish Infection Models for Pharmaceutical…

Schimmels die groeien in de longen van patiënten. Dat klinkt onprettig, toch? Gelukkig kunnen mensen hier normaal prima mee omgaan, en de infectie zelfstandig verhelpen. Maar als er al andere gezondheidsissues spelen, kan Aspergillose wel schade aanrichten. Zeker als de schimmel resistent is tegen antibiotica.…

Met hulp van Leidse biologen hebben Utrechtse wetenschappers slangengifklieren nagemaakt in het laboratorium. Hoogleraar Ontwikkelingszoölogie Michael Richardson, betrokken bij het onderzoek, over deze veelbelovende ontwikkeling in de strijd tegen slangenbeten.

Veel mensen zien slangen als de vijand, maar niet Michael Richardson, Hoogleraar Evolutionaire ontwikkelingszoölogie. 'Slangen zijn niet alleen gevaarlijk, maar ook enorm nuttig. Bijvoorbeeld voor de ontwikkeling van nieuwe medicijnen,' zei hij afgelopen weekend in Het Parool.

Met behulp van CT-scans onderzoekt het Rijksmuseum van Oudheden mummies van dieren. Michael Richardson van het Instituut Biologie Leiden is als expert op het gebied van slangen betrokken bij het onderzoek.

Een internationaal onderzoeksconsortium onder leiding van Bob van de Water, hoogleraar Toxicologie van de Universiteit Leiden, heeft een prestigieuze Horizon2020-subsidie van 30 miljoen euro ontvangen.

Het eigen cellulaire recyclesysteem van zebravissen kan schadelijke bacteriën opeten en zo weerstand bieden tegen infecties als tuberculose en salmonellose. Dat schrijven Leidse biologen van de groep van Annemarie Meijer. Het stimuleren van deze vorm van afweer kan gebruikt worden in nieuwe behandelmethoden…

Persoonlijkheid is erfelijk bij zebravissen. Dat blijkt uit onderzoek van Christian Tudorache en zijn team, dat is gepubliceerd in BMC Neuroscience.

Annemarie Meijer is per 1 mei 2015 benoemd tot hoogleraar Immunobiologie. Meijer doet onderzoek naar de mechanismes van de afweer tegen besmettelijke ziektes zoals tuberculose en buiktyfus.

Ongeveer twee miljard mensen dragen een slapende vorm van de tbc-bacterie met zich mee die ons immuunsysteem misbruikt. Hoogleraar Immunobiologie Annemarie Meijer onderzoekt ons afweersysteem, onder meer om aanknopingspunten voor behandeling van tbc te vinden. Oratie op 21 september.

Afweercellen houden tuberculosebacteriën onder controle door ze af te breken. Leids biologe Annemarie Meijer en collega’s ontdekten welk eiwit hiervoor de aanzet geeft. Dat eiwit (DRAM1) is mogelijk geschikt voor nieuwe medicijnen, schrijven ze in Cell Host & Microbe.

Nanoplastics beïnvloeden het gedrag van zebravislarven, blijkt uit onderzoek van Instituut Biologie Leiden (IBL) en het Centrum voor Milieuwetenschappen Leiden (CML). De onderzoekers zagen dat een bepaald type nanodeeltjes leidt tot stressreacties in de suikerhuishouding, met als gevolg hyperactiviteit…

Ziekenhuisbacteriën die ongevoelig zijn voor antibiotica vormen een groeiend probleem. De Leidse antibiotica-expert Gilles van Wezel gaat samen met collega Michael Richardson en met experts van het LUMC en Naturalis op zoek naar nieuwe antibiotica in het gif van slangen en schorpioenen. Daarvoor krijgt…

Steeds meer oudere mensen hebben te maken met chronische ziekten als osteoporose, reumatoïde artritis en osteoartritis. De potentiële markt voor geneesmiddelen voor deze bot- en gewrichtsziekten is groot; ruim 20 miljard euro wereldwijd per jaar. Met diepgaand onderzoek zet het Smartmix-programma ‘A…

Promovenda Femke Lokke Groeneweg onderzocht hoe onze cellen en ons lichaam omgaan met stress en wat het effect is van ontstekingsremmende medicijnen. Promotie 6 november 2014.

Zelfs embryo’s kunnen verzeild raken in een evolutionaire wapenwedloop met een andere soort. Dat laten Leidse biologen zien bij larven van de roze bittervoorn die als koekoeksjongen parasiteren op de kieuwen van zoetwatermosselen. Ze publiceerden hun onderzoek 19 februari in PNAS.

Tijdens de nieuwjaarsreceptie van de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen op 10 januari is bekend gemaakt wie de Ontdekker van het jaar 2010 is geworden, wie de C.J. Kokprijs heeft gewonnen voor het beste proefschrift van het jaar en wie de Onderwijsprijs en Juryprijs heeft gewonnen.

Eten of gegeten worden. Het beschrijft de evolutionaire strijd tussen slangen versus zoogdieren en vogels die slangen eten. Muzaffar Ali Khan wijdde zijn promotieonderzoek aan de onderliggende mechanismen van deze wapenwedloop, en heeft zijn promotie 16 februari. Wat maakt zoogdieren en vogels succesvol…

In museum Naturalis kun je sinds kort tot 500.000 keer inzoomen op de larve van een zebravisje. Het visje is een populair onderzoeksobject omdat het wijzer maakt over de processen van ziekte en gezondheid in de mens.

Het NGL nadert de 1000e lezing door 2015 met de 997e lezing en een diner af te sluiten. Met een inspirerende lezing van prof.dr. Annemarie Meijer leerde het gezelschap meer over de infectieziekte tuberculose. Het gezelschap stond ook stil bij het verlies van het bestuurslid Christiaan van Gorkum, die…

De Leidse biologen Freek Vonk en Michael Richardson zijn erin geslaagd om de eerste twee slangengenomen te ontrafelen, dat van de koningscobra en de tijgerpython. Zij publiceerden 2 december hun bevindingen in twee artikelen in het toonaangevend blad PNAS.

Lezing, NGL-lezing

Leidse moleculair-celbiologen in de onderzoeksgroep van Annemarie Meijer hebben nieuwe genen ontdekt die specifiek tot expressie komen tijdens de vroege ontwikkeling van macrofagen in de zebravis, waaronder een signaaleiwit dat essentieel is voor de migratie van macrofagen tijdens de immuunreactie op…