The sequence-dependence of biomolecular interactions involving nucleic acids and proteins is essential for numerous processes inside the cell. Insights into the underlying molecular mechanisms have been obtained using various biochemical and biophysical methods on two different levels — bulk and sin…

Single-Molecule Microscopy (SMM) techniques constitute a group of powerful imaging tools that enable researchers to study the dynamic behavior of individual molecules.

This dissertation revolves around the design and implementation of novel instrumentation and related measurement techniques, at the single molecule level, for use in biophysical research. Chapter 1 presents an introduction to the field of fluorescence-based single molecule measurements. In particular,…

Promotor: Jaap Brouwer, Co-promotor: Remus Th. Dame

In this thesis we investigated the ability of two-photon multifocal microscopy for single-molecule microscopy in live cells and organisms.

This dissertation combines the use of defined microenvironments, high-resolution fluorescence microscopy, and time-resolved analysis, to study intracellular and cellular motility.

In human cells, a meter-long DNA is condensed inside a micrometer-sized cell nucleus. Simultaneously, the genetic code must remain accessible for its replication and transcription to functional proteins.

Promotor: Prof.dr. M. Ubbink

This thesis is a collection of experimental attempts to enhance photoluminescence of fluorescent molecules and quantum dots with single gold nanorods (GNRs) and relevant applications.

This thesis aims to improve the detection from ultra-weak single emitter by enhancing their emission properties with plasmonic nanostructures. We exploit the wet-chemically synthesized single crystalline gold nanorods (GNRs) as our basic frameworks in the whole studies, simply because of their unique…

Early time-resolved experiments by Frauenfelder on the ensemble of the kinetic rebinding of CO to myoglobin molecules resulted in a stretched exponential relaxa-tion due to a very large spread of the reaction rates of individual molecules.

Promotor: A. Kros

Consequences for sediment stability and seston trapping

De redactie van Biophysical Journal heeft een publicatie van Daniela Kraft uitgeroepen tot Paper of the Year 2017. De prijs wordt uitgereikt ter erkenning van buitengewone bijdragen van jonge onderzoekers.

Promotor: T. Schmidt, Co-promotor: S. J.T. van Noort

Spectroscopic studies on fluorescent single molecules in organic condensed matter does not only provide information about the molecule itself, but also its near environment. By suppression of phonon-induced broadening of spectral lines through cooling to low temperatures, small changes in the spectral…

Single-molecule spectroscopy has become a powerful method for using organic fluorescent molecules in numerous applications.

The aim of the research presented in this thesis was to develop new methods forchallenging systems in liquid-state NMR using paramagnetic effects generated by thetwo-armed probe CLaNP-5.

Promotor: Prof.dr. M.A.G.J. Orrit

Op 12 september heeft Michel Orrit zijn Spinozaprijs in ontvangst genomen uit handen van OCW staatssecretaris Sander Dekker in de Koninklijke Schouwburg in Den Haag. Met de prijs is een premie gemoeid van 2,5 miljoen euro, die vrij is te besteden aan wetenschappelijk onderzoek naar keuze, en het felbegeerde…

Synthetic hydrogels that mimic the natural extracellular matrix in the biophysical and biochemical cues it provides to cells are in high demand, however the cell phenotypes as they are observed in vivo in numerous cases have yet to be attained.

Bij een belangrijke onderscheiding als de Spinozaprijs, de 'Nederlandse Nobelprijs', hoort veel aandacht in de media. Een overzicht.

What is the optimal design of sandy solutions for sustainable climate change adaption, from an ecological, biophysical and societal point of view?

Promotor: T. Schmidt, Co-Promotor: B.E. Snaar-Jagalska

The studies presented in the work show the potential of the integrative use of biophysical data in defining the structural basis of protein interactions.

Due to their central physiological roles in living organisms, retaining beta-glycosidases have been the subject of tremendous research efforts to examine their structure/function relation using numerous biophysical and biochemical approaches.

Promotie

Promotie

Promotor: J. A. Bouwstra

Promotor: J.G.E.M. Fraaije, Co-Promotor: A. Kros

Met de NMR faciliteit doen we onderzoek naar de synthese van paramagnetische moleculen om kennis te vergaren over de structuur en dynamiek van eiwitten. Deze kennis kan dienen als basis voor een medicijn dat zich hecht aan een eiwit of voor de ontwikkeling van vaccins. Medicijnontwikkeling is één van…

This thesis investigates a pharmacological challenge model induced by Toll-like receptor 7 (TLR7) activation, focusing on skin inflammation and its implications for early drug development.

The genetic information of all living organisms is contained in their DNA. Cells modify the degree of DNA compaction by epigenetics, which largely determines what genes are read out and which genes are transcriptionally silent.

Promotor: A.P. IJzerman

Barrier function is the natural role of the skin. The lipid matrix present in the outermost layer of the skin, the stratum corneum is important for this function.

Promotor: A.P. IJzerman

Promotie

Menselijke cellen beschermen hun eiwitten tegen ontvouwen en samenklonteren. Dat ontdekten biofysicus Alireza Mashaghi en zijn team na zeven jaar diepgaand onderzoek naar de vouwmechanismen van eiwitten. Met een nieuwe, baanbrekende methode slaagde het team erin om een afzonderlijk eiwit te vouwen en…

Op woensdagavond 24 mei was Huub de Groot te horen in het programma Science071, het Leidse wetenschapsprogramma van Sleutelstad FM. Hij werd zo'n 15 minuten ondervraagd over het onderwerp van zijn onderzoek naar het omzetten van CO2 naar brandstof.

Binnen het Graduate Programme van Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) is de aanvraag voor de 'Netherlands Magnetic Resonance Research School' gehonoreerd. Deze onderzoeksschool is een van de 18 gehonoreerde aanvragen. Vier Leidse Graduate Schools zijn gehonoreerd.

How can ecosystem services within river catchments be quantified in spatial and temporal explicit way?

In het novembernummer van C2W werd Remco geinterviewd en vertelt hij over zijn twee passies, onderzoek en films produceren.

Voor goed onderzoek is het nodig om buiten de grenzen van vakdisciplines te kijken, stelt hoogleraar moleculaire en cellulaire biochemie Remus Dame in zijn oratie op 10 mei. Zo zouden processen die plaatsvinden op DNA niet alleen moeten worden onderzocht in een reageerbuis maar ook in levende cellen…

Voor de oktoberissue van het alumnimagazine Leidraad van de Universiteit Leiden werd Huub de Groot geinterviewd in het kader van het Europese SUNRISE consortium.

Leidse onderzoekers hebben minuscule bewegingen gevonden in het laccase-enzym. Deze ontdekking kan leiden tot de ontwikkeling van veel efficiëntere biobrandstofcellen. Publicatie in Biophysical Journal.

In het Tijdschrift Milieu van november 2015 verscheen een artikel waarvoor Huub de Groot, Robin Purchase en Huib de Vriend auteur waren. Het artikel gaat over de ontwikkelingen op het gebied van kunstmatige fotosynthese, recente onderzoeksresultaten, het toekomstperspectief en hoe dit binnen bereik…

Prof. Huub de Groot vertelde dinsdag 21 april 2015 over de mogelijkheden van duurzame waterstof bij de opening van de waterstofgenerator bedoeld als tankstation voor de busjes van Stadsparkeerplan aan de Leidse Haagweg.

Artikel in het Alumni magazine 'Leidraad', Winter 2015 met als onderwerp 'feit of fictie' waarin de vrijheid van onderzoekers door de eisen van politiek, maatschappij, universiteit en bedrijfsleven bevraagd wordt. Interview met Huub de Groot.

Je auto voltanken vanaf je dak, zou dat niet mooi zijn? Binnen BioSolar cells wordt gewerkt aan concentratie van zonne-energie naar brandstof om dit mogelijk te maken. Een interview met Huub de Groot voor het RTL7 programma Doe Maar Duurzaam!